Годы Гражданской войны нанесли серьезный урон городу. Погибли лучшие здания, особенно пострадали крупные лечебные учреждения, дачи и гостиницы, взятые под лазареты или казармы. Жилищный фонд сильно сократился, бальнеологическое оборудование растащили, Емануелевский и другие парки вырубались на дрова. Вследствие недостатка ремонта и надзора, стал разрушаться главный нерв курорта - оборудование и каптажи источников.
В сентябре 1918 года курорты были переданы Народному комиссариату здравоохранения РСФСР, который приступил к организации курортного лечения. Эту задачу пришлось выполнять в разгар гражданской войны, в исключительно сложных условиях.
В 1920 году окончательно установилась советская власть, при которой началось восстановление курортов. 8 апреля 1920 года Наркомат здравоохранения РСФСР выдал КМВ охранную грамоту, где указывалось, что Пятигорск, Ессентуки, Кисловодск и Железноводск являются лечебными учреждениями общегосударственного значения, находятся в непосредственном ведении Народного комиссариата здравоохранения РСФСР и призваны обслуживать широкие массы рабочих и красноармейцев.
Восстановление курортов начали решительно и быстро.
Для организации санаториев и гостиниц Кавминводам были переданы все постели, белье, а также хозяйственный инвентарь расформированных IX и Х армий. В течение одного месяца были отремонтированы и оборудованы все здания санаториев и домов отдыха. Благодаря такой активной работе к первому июня курорты Кавказских минеральных вод могли принимать до 10000 отдыхающих и лечащихся.